古来より木彫や仏像製作に適した木材があるように、木珠にも使用上、丈夫で加工に適した材料が重宝されます。なかでも欅、梅、松、といった珠に仕上がった時に木目が際立つ綺麗な材がございます。
また日本の象徴的な木とされる桜や、槐（エンジュ）、一位（イチイ）の木といった縁起の良いとされる木材も好まれます。